埃博拉基因测序难为“无米之炊”
时间:2017-12-07

  埃博拉病毒基因测序困难“不吸管” - 新闻 - 科学网

  由于埃博拉病毒席卷西非,科学家们缺乏关键的遗传学数据来回答这个猜测,导致许多担忧:病毒会变得更具传染性和致命性吗?它会改变,让它逃避诊断测试或疫苗?从埃博拉病人身上取得的数千个血液样本储存在非洲和欧洲实验室的冰箱中,但是尚未使用,而且获得新遗传学数据的少数研究小组也没有披露这些信息。

  研究人员迫切需要仔细研究病毒如何进化。英国爱丁堡大学的进化生物学家Andrew Rambaut除了回答关于其毒性的问题外,还表示基因数据可以揭示疫情的细节,包括传播的特征以及病毒从动物宿主传播多长时间对人类。如果您能及时完成测试,您可以确切地知道发生了什么事。他说。但面对官僚主义的障碍和混乱的记录,科学家不得不等待。

  八月份,研究人员在塞拉利昂的78名病人中宣布了99个埃博拉病毒感染基因组,使世界能够近距离看到埃博拉病毒的分子。分析中包括当时塞拉利昂已知病例的一半以上。

  一旦研究结果得到证实,科学家们将遗传数据放入公共数据库。这些数据揭示了在塞拉利昂爆发早期人际传播期间病毒如何变化。在随后的情况下,一个变体消失,而另一个突出显示。从那以后,这种疾病已经转化为传染病,但由美国罗德学院的Pardis Sabeti和Stephen Gire领导的小组未能从塞拉利昂获得任何新的样本。其他研究小组遇到类似的困难。

  一些研究人员表示,很难从困扰地区的卫生部门获得样本出口许可证。我只能假设本地系统不堪重负,准备样本不是重中之重。 Rambaut说。他还是8月份发表的论文的合着者。

  德国Bernhard Nocht热带医学研究所(BNI)的病毒学家Stephan G nther和欧盟流动实验室(EMLab)联合表示,他们无法从尼日利亚和利比里亚出口样品。不过,他表示,自3月份以来,BNI一直在对EMLab项目的几内亚样本进行抽样,现在已经接近3000。 BNI代表几内亚政府将这些样本存储在高度安全的办公室,几内亚政府仍然是这些样本的拥有者。

  国防部和同事们还没有对这些样本进行排序,因为联盟的同事们忙于支持感染国家的疾病监测中心。我们都忙于在现场工作。 nther说人是一个大问题。不过,他指出,欧盟可以向EMLab进一步发放170万欧元用于埃博拉研究,问题可以得到缓解。

  在法国,巴斯德研究所也经历了西非样本输入的困境,但他们仍计划迅速测序新的病毒基因。巴斯德研究所埃博拉特别小组协调员菲利克斯·雷伊说,该研究所在塞内加尔首都达喀尔的实验室最近收到了来自几内亚的样品,达喀尔实验室将提取RNA并将其送到巴黎进行高通量测序我们希望下个月能够用一两百个样本对病毒进行排序,Rey说。

  此外,杜兰大学的罗伯特·加里和萨贝蒂合作说,萨贝蒂和他的同事也可能会很快得到塞拉利昂的样本。然而,为了加快她的研究,她和她的同事们正试图获得资助,将测序仪器运往西非。如果我们不能在这里得到一个样本(美国),那么我们将在那里进行排序,她说。

  但单独的血液样本不足以进行基因组研究。研究人员至少需要知道每个病人来自哪里,理论上需要临床信息,如病人的生存或死亡。只有当您有这些数据时,才能找到对测序有用的信息。 nther说。但是,这些信息往往因为记录质量差而丢失。他和他的同事目前正在与无国界医生组织和世界卫生组织合作,将样本与相关信息进行匹配,但表示建立数据库是一项耗时的工作。

  同时,第一批塞拉利昂样本产生的几个病毒序列的结果尚未公布。美国疾病控制和预防中心8月份宣布了从该国治疗的患者中抽取的样本的测序,但这些数据并没有放置在任何公共基因库中。 Rambaut说这是非常遗憾的。美国的情况来自利比里亚。到目前为止,我们还没有从那里得到任何基因序列信息,即使是单一的基因组也是非常有用的。他说。然而,CDC生物信息学家Duncan MacCannell在接受“科学”杂志采访时表示,这些序列已经与公共卫生界积极分享和讨论。他表示CDC正在努力将序列信息提交给公共数据库。

  Rambaut说,新的序列可能不会表明病毒正在成为一种新的攻击或传播模式,但将有助于提供一个更清楚的爆发情况。他还指出,一系列类似的病毒可能表明热点的蔓延,而异常高的多样性表明还有更多的病例尚未找到。

  早些时候的遗传数据也表明,埃博拉正在经历迅速的变化,但这并不意味着它变得越来越危险。 Rambaut说,大多数RNA病毒变异非常迅速,但适应性和功能性变化缓慢。麻疹病毒的变异速度与埃博拉病毒相似,但尚未成功摆脱单一疾病,终生或疫苗控制。虽然疫情严重,但Rambaut表示,没有理由怀疑埃博拉病毒将迅速改变其生命周期或传播模式。 (张章)

  中国科学通报(2014-11-19第3版国际)

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